סובסידיות אנרגיה כרוכות בעלויות כספיות גבוהות על חשבון השקעות חיוניות בבריאות, חינוך ותשתיות, ובנוסף הן מובילות לצריכה בזבזנית. בין יצואניות הנפט ניתן למצוא חלק מן הכלכלות העתירות ביותר באנרגיה אך מן הבלתי יעילות ביותר מבחינת השימוש בה. סובסידיות האנרגיה מוטות ביסודן כלפי תעשיות עתירות אנרגיה ויתרה מכך, הן גם בלתי שוויוניות משום שהן מועילות בעיקר לעשירים. באזורים מסוימים, סבסוד דלקים אף מעודד הברחות בין גבולות ומחמיר את רמת הזיהום.

מדינות שהעניקו סובסידיות לאנרגיה מתקשות להפחיתן ורבות מהן נאבקות עם האתגרים הפוליטיים וחוסר היציבות שנגרמו מן הניסיונות להעביר רפורמות בתחוםזה, בשל התנגדות האזרחים למה שהם רואים כזכותם.

בנוסף, סובסידיות הן כר פורה לשחיתות, מהוות תמריץ שלילי לשימוש יעיל באנרגיה ומקשות על מקורות חדשים להתחרות.